Folko Jungnitsch stammt aus Stuttgart und erhielt schon früh Geigenunterricht bei Valery Gradow. Vor seiner Aufnahme in der Musikhochschule Leipzig 1990 hat er Konzertreisen mit dem Stuttgarter Jugendkammerorchester in die USA, nach Frankreich und Polen unternommen, während derer er auch als Solist aufgetreten ist (Violine). Als Mitglied des deutschen Bundesjugendorchesters nahm er von 1988 bis 1991 an Konzertreisen teil in Deutschland, Italien, der Schweiz und den damaligen UdSSR und machte Rundfunk-, Schallplatten- und Fernsehaufnahmen.
An der Leipziger Musikhochschule studierte Folko Jungnitsch Violine bei Christian Funke und Kolja Lessig sowie Dirigieren bei Günter Blumhagen. 1998 legte er seine Diplomprüfung im Fach Orchestermusik/Violine ab.
Bereits 1994 hat er an der Universität für Musik und darstellende Kunst in Wien mit dem Dirigierstudium bei Leopold Hager begonnen. Meisterkurse absolvierte er bei Karl Österreicher (Wiener Musikseminar) und bei Helmuth Rilling (Internationale Bachakademie Stuttgart). Folko Jungnitsch war Geiger im Bachorchester des Gewandhauses Leipzig. Probenarbeiten mit verschiedenen Orchestern in Deutschland, Konzerte und Dirigate am Landestheater Alternburg, mit dem Philharmonischen Orchester Szeged (Ungarn), mit der Enescu-Philharmonie in Bukarest und anderen Orchestern vermittelten ihm ebenso wichtige Erfahrungen auf seinem Weg zum Dirigenten wie Assistenzen und Hospitanzen bei Leopold Hager, Gerd Albrecht, Gabriele Ferro und Marcello Viotti. Mit dem Savaria-Symphonieorchester machte Folko Jungnitsch Rundfunkproduktionen mit moderner Musik für den ORF. Im Juli 1999 und in 2000 leitete er das Münchener Rundfunkorchester bei und Aufnahmen für den Bayerischen Rundfunk. Seit Juli 2000 ist er Dirigent des Patentorchesters München.
Folko Jungnitsch leitete das Brucknerorchester zum Jahreswechsel 2005/2006.